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Das Kloster wurde 1229 bei Mansfeld gegründet und 1258 nach Helfta verlegt. Die Nonnen lebten nach der Regula Benedicti und nahmen die Reformen der Zisterzienser an, ohne sich offiziell dieser neuen Ordensrichtung anzuschließen; so wird das mittelalterliche Kloster Helfta sowohl von Benediktinerinnen als auch von Zisterzienserinnen jeweils als dem eigenen Orden zugehörig betrachtet.
Unter der Äbtissin Gertrud von Hackeborn war das Kloster Helfta im 13. Jahrhundert das Zentrum der deutschen Frauenmystik und als Krone der deutschen Frauenklöster bekannt.
Mit Gertrud von Helfta, Mechthild von Hackeborn (leibliche Schwester der damaligen Äbtissin) und Mechthild von Magdeburg lebten hier drei bedeutende Mystikerinnen dieser Zeit, die auch jeweils mystische und spirituelle Schriften hinterlassen haben.
Das Kloster wurde in den folgenden Jahrhunderten mehrmals verwüstet, unter anderem von Albrecht von Braunschweig im Jahr 1342. Deshalb wurde das Kloster 1343 in die Stadt Eisleben verlegt. Nach den Wirren des Bauernkrieges mit starken Verwüstung des Klosters wurde es 1525 nach Helfta rückverlegt.
Nach der Reformation wurde das Kloster Helfta 1542 säkularisiert. Das Klostergut fand im Laufe der Jahre unterschiedliche Besitzer und wurde 1712 eine preussische Staatsdomäne.
Die DDR übernahm diese Staatsdomäne und wandelte sie in ein Volkseigenens Gut (VEG) mit etwa 2.000 Arbeitsplätzen um. Während dieser Zeit wurden die Klostergebäude nicht unterhalten und verfielen zusehends.
Gegen Ende der DDR gab es die Bestrebung, die Reste der Klosterkirche (eine Giebelwand und eine Seite) zu sprengen. Dies wurde jedoch durch den persönlichen Einsatz des Lehrers Joachim Herrmann verhindert. Er setzte sich 1988 aus Respekt vor dem wertvollen Kulturerbe beim Rat des Kreises Eisleben für den Erhalt des Klosters ein.
Nach dem Ende der DDR gewann die Idee Raum, Kloster Helfta wieder aufzubauen und als Kloster zu besiedeln. Dazu bildeten die bereits bestehenden 4 Förderkreise (aus Sachsen-Anhalt und Bayern) am 3. Juni 1992 den „Verband der Freunde des Klosters Helfta“. Am 8. August 1994 erwarb das Bistum Magdeburg mit Spendenmitteln dieses Verbandes (1,5 Millionen DM) das Gelände von der Treuhandanstalt .
Der Wiederaufbau der Klosterkirche, des Konventsgebäudes und des Kreuzganges begann 1998 unter der Schirmherrschaft des Bischofs von Magdeburg, Leo Nowak. Dieser erste Bauabschnitt kostete etwa 15 Millionen DM, welche durch Spenden aus aller Welt aufgebracht wurden. Die Bundesanstalt für Arbeit unterstützte den Wiederaufbau des Kloster durch eine Vergabe-ABM für 36 Arbeitslose aus der Region.
Nach 457 Jahren bezogen am 13. August 1999 Zisterzienserinnen aus Kloster Seligenthal (Landshut) das Kloster und bildeten eine neue Gemeinschaft unter der Äbtissin Maria Assumpta Schenkl.
Die Wiedergründung des Klosters wurde durch ein päpstliches Schreiben vom 17. November 1999 besiegelt. Damit ist das Kloster Helfta ein selbstständiges Priorat.
Die Weihe der Klosterkirche St. Marien erfolgte durch den Magdeburger Bischof Leo Nowak am 21. November 1999. Der Kirchbau zeichnet sich durch ein Symbiose aus alter Bausubstanz und moderner Kirchenarchitektur aus.
Weiterhin wurden seitdem folgende Gebäude eingeweiht:
Die Gebäude und Grundstücke wurden auf die am 22. April 2002 gegründete Stiftung „Kloster St. Marien zu Helfta“ übertragen.
Derzeit leben und arbeiten im Kloster St. Marien zu Helfta 14 Zisterzienserinnen.