Südöstlich der Unterkirche steht das Gebäude, welches das Refektorium, der Schlaf- und Speiseraum der Nonnen gewesen sein soll, stammt aus spätgotischer Zeit . In dieses Gebäude wurde 1552 das Lyzeum mit seinen fünf Schulklassen verlegt. Links neben dem Eingange befindet sich ein Stein mit folgender Inschrift:

Nicolaus Clausen et Christophorus Knawer Coss. F. C. Anno Do. 1552, welche besagt, daß damals Nikolaus Clausen und Christoph Knauer regierende Bürgermeister von Frankenhausen waren.

Dieses Gebäude hat den Brand von 1689 überstanden und wurde 1743 ganz neu hergerichtet, von außen mit Kalk überzogen und mit neuen Fenstern, auch anderen neuen Sachen versehen. Links vom Eingange wurde folgende Inschrift angebracht:

Sub auspiciis Serenissimi Princip. ac Dni Friderici Antoni Princip. Schwartzb. aedificium hoc per vetustum olim virginib. ex Ord. Cisterc. Ao. MDLII vero musis sacratum reficiendum curarunt coss. Joa. Günther Heydenreich, Casp. Elias Müldener Ao. MDCCXLIII.

(von außen nicht mehr sichtbar).