Im Jahr 1132 holte sich der Bischof Udo I. von Naumburg Zisterziensermönche aus Walkenried zur Neubesetzung eines verlassenen Klosters nach Schmölln. Der Ort sagte den Zisterziensern aber aus verschiedenen Gründen nicht zu, weshalb der Bischof, der die Zisterzienser in seinem Herrschaftsbereich halten wollte, einen Tausch arrangierte. So kamen die Mönche ins Saaletal und ließen sich unweit von Naumburg an der sumpfigen Südseite des Flusses im Schatten eines steilen Hanges nieder.

Am 30.Oktober 1137 wurde der Grundstein für die Klosterkirche gelegt. Wie bei Zisterziensern üblich, wurde sie der Heiligen Jungfrau Maria geweiht, sodass das Kloster den Namen Sanctae Mariae ad Portam erhielt. Woher jedoch der Zusatz zur Pforte kam, ist bis heute umstritten. Die Mönche selbst assoziierten den Begriff jedenfalls mit der "Himmelspforte", wie die Umschrift des Klostersiegels zeigt.

Der Aufbau des Klosters und seiner Güter ging rasch voran. Schon für 1144 ist der erste Weinberg, der noch heute bebaute Köppelberg, nachweisbar, und ca. 40 Jahre nach der Gründung war das Kloster bereits in der Lage, unmittelbar hintereinander zwei Töchterklöster in Leubus und Altzella zu gründen. Insgesamt brachte es das Kloster Pforta auf fünf Töchter, vier Enkel und einen Urenkel.

Zu Anfang des 13. Jahrhunderts war die wirtschaftliche Bedeutung Pfortas bereits gewaltig angewachsen. Als geschickten Ökonomen gelang es den Zisterziensern, ihren Grundbesitz auszudehnen und abzurunden. So rigoros sie beim Ausbau ihrer Grundherrschaft, verbunden mit der Stilllegung zahlreicher Bauerngehöfte, vorgingen, so erfolgreich waren sie bei der Kultivierung der Landschaft: Sie entsumpften das Saaletal, legten einen Damm gegen das Hochwasser an, bauten das Wehr in Bad Kösen, zweigten sich die Kleine Saale als künstlichen Wasserlauf für die Klostermühle ab und brachten den Wein- und Obstbau zur Blüte. Der Borsdorfer Apfel ist eine Züchtung der Portenser Mönche.